El Molí Nou de Calabuig va ser construït a finals des segle XIX per un navilier d’Arenys de Mar que feia comerç amb Amèrica. És per això que la casa te un estil singular “indiano”, amb dues grans palmeres al pati interior i dos canons navals clavats a l’entrada. En origen era una arquitectura molt severa, com una fortalesa, sense obertures a l’exterior.  Posteriorment es van fer portes i finestres i, amb els anys, s’hi van afegir edificacions. El 1896 es va construir un canal des de Bàscara, conduint l’aigua del riu Fluvià, que feia anar una central hidroelèctrica al costat del Molí Nou, connectada a la primera xarxa elèctrica empordanesa..

Als anys 20, una emprenedora de Figueres va adquirir la finca donant-li nous usos. Aprofitant l’energia de la central elèctrica va construir una  farinera a la part nord de l’edifici principal, d’aquesta manera el Moli Nou es va convertir en un indret molt concorregut pels pagesos de l’entorn que hi portaven els cereals a moldre.
 
L’any 1987 va ser adaptada com a casa de colònies i  granja escola.

Des de aquesta data ha acollit centenars de grups escolars, grups de joves i adults que fan activitats, colònies, trobades i celebracions diverses.

El Molí Nou de Calabuig està gestionat per Margarida Castellà i Elisenda Oliveras des de el seu inici com a granja escola. Les dues són biòlogues.